Après un violent cyclone, deux journalistes découvrent une substance radioactive sur un site dévasté. Dans le même temps, un oeuf géant est pêché dans la mer. Les Aelinas, deux fées, arrivent sur terre afin de reprendre l'oeuf appartenant à leur dieu, Mothra, une mite géante. Mais l'oeuf est placé dans un incubateur pour l'éclosion.