Contrairement à TF1 et M6, deux entreprises privées côtées en bourse, la rémunération du patron de France Télévisions n'est pas une information publique. Mais, selon les informations du Monde, Rémy Pflimlin percevrait "autour de 330.000 euros" par an, soit environ 6 fois moins que ses homologues de TF1 et M6 et même 8 fois moins que le président de Canal+. En effet, Nonce Paolini et Nicolas de Tavernost ont empoché, respectivement, 2,05 millions et 1,87 million d'euros en 2011, contre 2,92 millions pour Bertrand Méheut. Même le numéro 2 de M6 affiche une rémunération supérieure, avec 1,04 million d'euros.
Le secret entourant la rémunération de France Télévisions (un groupe notamment financé par des capitaux publics) pourrait prochainement prendre fin, après l'élection de François Hollande à la présidence de la République. Or, dans son projet, le candidat du Parti socialiste défendait l'idée de limiter les rémunérations des dirigeants d'entreprise publique, qui ne devront pas représenter plus de 20 fois le plus bas salaire. "Le préalable du projet de François Hollande, c'est de rendre tout ça transparent", estime Jean-Pierre Balligant, député PS et membre de la commission de surveillance de la Caisse des dépôts. "Réduire l'écart de rémunération de 1 à 20 dans les groups publics suppose de connaître le salaire de leurs dirigeants. Le secret n'est pas normal."