Pour la chaîne, ce rattachement est incompatible. Pour sa future réforme de l'audiovisuel public qui devrait être présentée en Conseil des ministres en juillet, le ministre de la Culture Franck Riester étudie sérieusement la possibilité de rassembler au sein d'un holding commun l'ensemble des entreprises de l'audiovisuel public, soit France Télévisions, Radio France, l'INA, Arte et France Médias Monde. Supposé plus économe, le futur rassemblement des médias publics français devrait notamment être dirigé par un conseil d'administration commun qui aurait le pouvoir de nommer les dirigeants de chaque entité et de répartir les budgets.
Selon "Les Echos", Arte a déjà fait part de son souhait de ne pas intégrer cette future structure avant même que l'Etat n'ait acté sa création. Dans une lettre envoyée à Franck Riester à la mi-mars, que le quotidien économique a pu consulter, Peter Boudgoust, le président d'Arte GEIE (Groupement européen d'intérêt économique, détenu par Arte France et Arte Deutschland), explique ainsi qu'il y aurait une incompatibilité avec les dispositions du traité fondateur d'Arte. Ce dernier dispose notamment que la chaîne franco-allemande est responsable de la "réalisation des programmes (...), la gestion du budget (...), sous la surveillance et le contrôle des seuls sociétaires (Arte France et Arte Deutschland, ndlr)" et que "la direction et la gestion (...) des sociétaires relèvent de leur seule responsabilité". Inquiétant particulièrement la partie allemande, le holding commun est perçu par Arte comme une possible mise en péril de son indépendance statutaire et éditoriale, sources selon la chaîne de son succès actuel. Contacté par "Les Echos", Arte France n'a pas souhaité faire de commentaire.